Sede di una scuola di volo per piloti statunitensi già prima della seconda guerra mondiale, il "Gino Lisa" diventa un'importante base aerea militare e ospita velivoli dell'Aeronautica Militare Italiana, della Luftwaffe e successivamente dell'USAF, il cui personale costruisce una pista in grelle metalliche per le fortezze volanti. Solo nel 1971 l'attività civile inizia con l'Ati, che inserisce lo scalo di Foggia nella tratta Taranto Trieste e collegamenti due volte al giorno con la capitale.Dal 1975 al 1988 l'aeroporto, però, è frequentato unicamente dalle macchine dell'aviazione generale, a parte un servizio elicotteristico dell'Alidaunia per le isole Tremiti. Alla fine degli anni '80 l'Aliblù collega Foggia a Roma con i Jetstream 31 per oltre un anno e mezzo, successivamente cedendo il campo alla sola Alidaunia. Quest'ultima sperimenta per meno di un anno una linea di collegamento con Milano Malpensa e, dall'aprile 1993, con Parma, a mezzo di jet Mitzubishi Diamond a 9 posti. Nel gennaio 1994 la International Flying Service (oggi Eureca) inaugura la linea Torino– Foggia– Roma Ciampino, con un Metroliner II da 19 posti, che però ben presto viene sospeso.